杀菌剂通常分为氧化型杀菌剂和非氧化型杀菌剂。 氧化性杀菌剂一般是较强的氧化剂，利用它们所产生的次氯酸、原子态氧等，使微生物体内一些和代谢有密切关系的酶发生氧化而使微生物被杀灭。该类杀菌剂一般是无机化合物。如氯、漂白粉、氯胺、次氯酸、二氧化氯、过氧化氢、高铁酸钾、过氧醋酸和臭氧等。用的较普遍的是氯气，氯气在消毒过程中，能使微量有机化合物氯化，这些氯化了的有机化合物的毒性能使微生物中毒。由于它具有杀菌力强，原料易得，使用简单的优点，现在仍被广泛使用。 另一种无机化合物二氧化氯，它是比氯气氧化能力强2.6倍的强氧化剂，它在冷却水中作为杀菌剂，与氯相比，具有用量低、作用快、效果好、不受pH影响和不与氨反应的优点。因此近年来一些合成氨厂、石油化工厂、炼油厂等都用二氧化氯来控制工业冷却水系统的微成物生长。二氧化氯的杀生周期比较长，0.5mg/kg的二氧化氯在12h内，对厌氧菌的杀菌能力达99.9%。二氧化氯同氯相似，对人体极为有害，刺激眼睛和呼吸器官，当浓度高时，刺激中枢神经而使人致死。 非氧化性杀菌灭藻剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，因而，它不受水中还原物质的影响。非氧化性杀菌灭藻剂通常是氯酚类、季铵盐类的非氧化性化合物，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小，受水中PH值影响较小。但处理费用相对氧化性杀菌灭藻剂较高，容易引起环境污染，水中的微生物易产生抗药剂型。