​根据化学成分杀菌灭藻剂可以分为氧化性杀菌灭藻剂和非氧化性杀菌灭藻剂两大类。

    ①氧化性杀菌灭藻剂  此类药剂通常是一种强氧化剂，对水中微生物的杀菌作用强烈。氧化性杀菌剂对水中其他还原物质起氧化作用，故当水中存在有机物、硫化氢及亚铁离子时，会消耗一部分杀菌剂，降低它们的杀菌效果。循环冷却水常用的氧化性杀菌剂有含氯化合物、过氧化物、含溴化物等具有氧化性质的化合物。它们普遍具有杀菌灭藻速度快、杀菌效果的广谱性、处理费用较低、对环境污染相对影响较小、微生物不易产生抗药性等特点，不足之处在于受水中的有机物和具有还原性物质的影响较大，药效时间短，受水中pH值影响较大，分散渗透和剥离效果差等。如氯化物类、氧化物类、含氧酸类、金属化合物类等。

    ②非氧化性杀菌灭藻剂  非氧化杀菌剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以毒性作用于微生物的特殊部位，因而非氧化性杀菌灭藻剂不受水中还原物质的影响。非氧化性杀菌灭藻剂通常是季铵盐、氯酚类的非氧化性化合物、二硫氰基甲烷、过氧乙酸、异噻唑啉酮、戊二醛和季铵盐等有机杀生剂。它们的杀菌灭藻剂作用有一定的持久性，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小（少数杀菌剂受pH值影响），但是处理费用相对氧化性杀菌剂较高，容易引起环境污染，微生物易产生抗药性等缺点。如氯酚类、季铵盐类、大蒜素类、氯胺类等。