​1.冷却塔中是藻类等微生物生长的理想环境，它们会在塔壁、水槽中、配水池里繁殖，通过碳的同化作用，借助阳光，与水中的CO2和HCO3-进行光合作用，并吸收碳作营养而放出氧。藻类的大量繁殖，会使水中溶解氧增加，有利于氧的去极化作用，腐蚀性也就随着增大。
2.许多藻类在其细胞中产生具有恶臭的油类和环醇类，藻类死亡后成为污泥会产生臭味并使水变色。
3.冷却塔的配水槽和喷嘴上也常因藻类繁殖堵塞孔口，影响配水的均匀性，使塔的冷却效率下降。塔壁上大片藻类脱落也可能造成滤网和系统堵塞。
4.硅藻由于其细胞壁上充满着聚合的二氧化硅，将引起硅污垢。