​在非自来水的系统原水中一般不含余氯等杀菌剂，为防止预处理及膜处理系统的微生物污染，预处理系统中应具有杀菌工艺，且杀菌的重点对象是砂滤工艺。当系统中存在炭滤工艺时，二氧化氯、次氯酸钠等氧化性杀菌剂应投放在砂滤之前，这既可阻止砂滤工艺中的微生物滋生，又可与活性炭构成典型的所谓生物活性炭工艺。
当系统中不存在炭滤工艺，而投放氧化性杀菌剂时，需要投放亚硫酸氢钠还原剂使之还原，以防对反渗透膜系统的氧化损伤。为保护预处理全系统，氧化性杀菌剂应投放于砂滤工艺之前，还原剂应投放于精滤工艺之后。当超滤工艺置于此杀菌环内时，也可有效防止超滤膜的微生物污染。
     当投放的杀菌剂不其有氧化性时，无需投放还原剂，而且非氧化性杀菌剂进人反渗透膜系统后，还可有效抑制膜系统的微生物污染。
预处理系统环境复杂、工艺多样，各工艺间的相对位置与具体的原水条件及膜系统要求密切相关，各工艺次序的设计具有一定的灵活性。