​1、残余氯过高，会引起膜的退化，引起膜性能改变，导致脱盐率下降。
2、水锤作用，如果RO系统在起动前未充满水，将会引起第一个膜元件与更高流速的水流接触，引起过高的压降，或高压泵起动时出水阀未缓慢开启，这是可能会发生水锤作用，造成膜元件的机械损失。
3、水温控制不当，水温过高，会造成膜损坏，高温谁会引起膜元件塑料部件损坏、卷式膜元件伸缩现象的发生、膜元件渗透水O型圈的损坏等。
4、系统回收率过高，如果未按规定的回收率运行，可能会造成更加严重的后果。假定浓水阀门未正常开关，或流量计不准，如果浓水流量偏小，这样回收率必然会超过75%，浓缩系统上升；浓水浓度越高，结垢倾向越大；同时，较低的浓水流速，降低水的紊动状态，增加浓差极化，这又反过来增加结垢倾向。浓水浓度越高，会导致一种或几种难溶盐过饱和，从而在膜上结垢析出。
5、细菌大量繁殖，当不连续运行和停机时间较长，RO系统中给水不存在杀菌剂时，系统存在大量生物繁殖的可能性；当RO系统中有严重细菌污染时，如不及时清洗，将会堵塞膜元件水流隔网，增大膜元件的压差，严重会损坏膜元件。